圆明园被火烧后，仍然是禁园，有太监和清军把守，一般人是不准随便进入的。即使是身为北洋大臣、权倾一时的李鸿章也曾为此惹过麻烦：他进园游玩了一回，被一个姓董的太监告诉了另一个大臣翁同龢，翁同龢随即参了李鸿章一本，李鸿章被处以罚俸三个月（扣除三个月薪金）。

    清王朝的实权掌握者慈禧太后和同治皇帝依然保持着圆明园残毁时的形象，他们想在适当的时候，恢复园内的的建筑和景观，供自己游乐玩耍，也表明大清朝是不可破的。

    1873年，慈禧假意撤消垂帘听政，把政权归还给皇帝。同治皇帝决心重修圆明园，以供两宫太后（慈安、慈禧）颐养天年。一些肖小之徒认为重修圆明园是自己邀功请赏、巧取豪夺、浮报冒领的好机会，他们大肆鼓噪和纵容同治皇帝重修圆明园。正直的官员上奏折说：国库空虚，缺乏银两，还是缓修和不修为好，但遭到同治的斥责。同治打出“子为母孝”的旗号，大声斥责他们阻止自己为母尽孝，居心不良。

    这次重修计划拟修殿宇三千多间，差不多是原来建筑的三分之一，有大宫门、正大光明殿、出入贤良门、九洲清晏、天地一家春、蔚藻堂、清夏堂，河道、船只、码头等。慈禧对重修工程特别重视，重修的每一座模型，她都要亲自审查，对她居住过的天地一家春工程尤其关心，她还兴致勃勃地亲自执笔勾画了内檐装修小样。重修工程于同治十二年开始。按迷信说法，同治十三年是“太岁犯冲”，不宜上梁，于是掌管皇历的钦天监择吉日于同治十二年十二月二十六日提前上梁，就是搭一个架子，和修成后的殿宇高度相等，把大梁安放在架子上就算上梁了，然后再慢慢地修墙基。

    这时的清政府再也没有雍正、乾隆时候雄厚的经济基础了。国家财力接近枯竭，再加上许多人浮报冒领，借机贪污，工程开始不久就遇到了许多困难。最大的困难是缺钱。户部每年拨出六十万两白银，工部拨出河工修水利的白银四五万两给内务府。王公大臣为拍马屁讨好慈禧，共捐出白银四十多万两。面对如此巨大的重修工程，这点钱真是杯水车薪，无济于事。其次是缺乏木料，许多柱、梁都化为灰烬，要在短时间内采伐这么多、这么好质量的木材困难重重。重整修圆明园的工程于同治十三年被迫停了下来。

    1900年8月，以英、法、美、俄、德、意、奥、日组成的八国联军攻占了北京。联军司令瓦德西下令公开抢劫三天。三天过去了，抢劫不但没有停止，反而愈来愈厉害。联军们从城里一路抢劫出来，又抢劫了颐和园和西郊诸园。他们冲进重修后的圆明园，又搜刮了一阵珍宝古玩、孤本秘籍，把搜刮到的珍宝用骆驼运到了天津。经同治和光绪两朝重修的圆明园又一次遭到了破坏，残毁的宫殿与重修的楼阁里摆放的幸存物品又一次遭到洗劫。

    八国联军退走后，清政府已经到了摇摇欲坠的边缘。穷困潦倒的八旗兵丁和太监们纷纷伸出手来，向上要待遇，要薪水。后来，慈禧太后和光绪皇帝死了，圆明园没人管了，火中余生的几万棵名贵树木被八旗兵丁和太监们砍倒，卖了木料。

    辛亥革命后，许多军阀和官僚政客又从圆明园盗走了很多石料。有的为自己修小花园，有的为自己修祖坟。更可恶的是一些奸商，他们把汉白玉石雕砸碎，掺在大米内以次充好。军阀王怀庆拆毁圆明园的围墙，偷运走大量砖瓦石料，运输用的大车小车，一天几十辆，一直拉了20年。

    帝国主义的抢掠焚毁，八旗兵丁、地痞流氓、官僚军阀的拆卖盗运，圆明园劫余幸存的少量建筑和古树名木遭到彻底毁灭。遗址上的石雕、奇石、砖瓦被大量盗卖、取用，昔日的“万园之园”渐同荒野。

    一代名园圆明园的盛衰兴亡，与清王朝由盛而衰而亡相始终。

    今天，圆明园遗址已演化成为一部中国近代史的象征。湖光山林间，昔日的繁华富丽不复可寻，空余西洋楼数处孤零零的断垣残柱供人凭吊。苍烟落照，秋风春雨，予人丰富而广阔的想象空间。“沉舟侧畔千帆过”，今日圆明园以其独具的悲剧美和历史感，唤起人们去追忆，去探求一个民族的盛衰治乱，它所蕴含的撼人心魄的力量与其特殊的历史地位，已远远超出一座帝王山水宫苑遗址本身。